Tato hra vás zavede do realisticky ztvárněného vesmíru. Co se příběhu týče, započne X3: The Reunion tam kde skončil příběh X2: The Threat. Argonská flotila se nachází na počátku kolapsu kvůli neustálým útokům rasy Khaak. V této situaci se navíc objeví další neznámý nepřítel, představující neustálou hrozbu a počet nezodpovězených otázek narůstá. Kde se vzala tajemná loď, jež umí v jediném okamžiku zmizet z očí i radaru? Co mají piráti Yaki společného s technologiemi, které zde zůstaly po dávno zmizelých civilizacích? *Arduška*