Příběh se točí kolem knižní a seriálové předlohy, ve které se posádka Stanice Deep Space Nine dozví o existenci "padlých" proroků Bajoru, které jejich kolegové z červí díry uvrhli do ohnivých jeskyní a jedinou možností, jak je vzkřísit, je získat tři červené orby, které se ovšem nacházejí neznámo kde. Na základě těchto informací vstupujete do hry jako Sisko, Kira nebo Worf. Pro každého má The Fallen připravena trochu odlišný příběh, který si každý z nich prožije v množství rozmanitých, dlouhých a těžkých úrovní.