Příběh Mafia Mission Packu se odehrává mezi lety 1938-1940 a navazuje tam, kde končila poslední hratelná mise původní hry - v galerii, v níž Tom zabije Sama a začne utíkat před Donem Salierim. Tom na chvíli zmizí na venkov, ale ani ten mu neposkytne dostatečný úkryt a vrací se do města, rozhodnutý Salieriho zabít. To se mu nakonec podaří. Tom v DownTownu začíná nový život gangestera, ovšem se starými známými za zády. Setká se s Lucasem Bertonem, kasařem Salvatorem, pude plnit úkoly pro Biffa, kupovat zbraně od Žlutýho Píta a především bude žít po boku své manželky Sáry a dcery.